口袋妖怪绿宝石的二周目攻略与一周目存在显著差异，主要体现在剧情扩展、图鉴升级、神兽捕捉以及新增对战区域等方面。通关一周目后，玩家会回到家中，下楼与父亲对话获得船票，这是开启二周目的关键道具。随后电视新闻会播报丰缘地区天空出现神秘大鸟的爆炸性新闻，玩家需选择其颜色（红/蓝），这将决定后续随机遭遇的拉帝亚斯或拉帝欧斯。博士会主动联系玩家升级图鉴至全国版（386种），解锁通信交换功能，这是二周目收集全图鉴的基础。玩家需前往凯那市或水静市乘船，开启对战开拓区等全新内容。
二周目的核心变化在于神兽捕捉机制的开放。玩家可在天空之柱用加速自行车穿越塌陷处捕捉烈空坐，或在天气研究所获取固拉多、盖欧卡的线索。红蓝水都会随机出现在地图各处，需通过反复切换区域触发。三神柱的捕获需要解密地底遗迹的石像提示，而马桶王则需要集齐三神柱后才能解锁。新增的流星瀑布剧情涉及裂空座与陨石危机，需完成特定任务链才能触发。这些神兽的等级普遍在70级以上，要求队伍具备足够的战术配置和恢复能力。
对战开拓区是二周目独有的挑战内容，包含七种对战设施。玩家需在单打、双打、多人战中分别取得七连胜，击败各设施首领后可获得银/金象征。金字塔对战需注意隐藏的胡说树伪装，使用吼吼鲸喷壶破解；对战工厂需从随机六只精灵中选择三只组队，优先考虑神兽组合；对战水管则考验迷宫探索能力。所有设施胜利后奖励的BP点数可兑换稀有技能机，如龙之波动和冰冻光束。
玩家需在异乡人之屋获取美梦神羽毛，于鹿子镇与前作主角母亲对话拿到王者之证，或在涟漪镇获得潜水秘传机器。游戏新增的梦世界入口位于梦之遗迹，可捕捉部分特殊形态精灵。部分改版（如究极绿宝石）会追加原创剧情，例如流星之民传承或究极之洞探索，这些内容通常需要完成特定道具收集才能解锁。
队伍培养策略在二周目需针对性调整。建议保留至少两个空位用于捕捉神兽，主力精灵等级应达到75级以上并配备抗性道具。技能搭配需兼顾属性覆盖，特别是针对龙系、妖精系等常见神兽属性。通信进化精灵可通过NPC交换获取，如铁哑铃需在大吾之家触发剧情。个体值培养变得更为重要，可通过对战塔获得提升药剂。所有秘传技能需重新分配，因冲浪、攀瀑等技能在探索新增区域时不可或缺。
绿宝石二周目通过扩展剧情、增加挑战性内容和强化收集要素，显著提升了游戏的可玩深度。玩家需要更系统地规划探索路线，合理分配资源，并灵活应对高难度战斗。这种设计既延续了原作世界观，又为核心玩家提供了持续数十小时的额外游戏体验。
